申请三证合一的流程如下:携带企业三证合一登记补充信息表。提交工商设立登记申请材料。提交质监设立登记申请材料,如分支机构办理设立登记时,还需提供总机构的代码证书复印件。填写《三证合一登记(备案)申请书》,只填写三证合一相关内容,其他部分空着。